Моганит широко распространён в составе малых минеральных тел кремнезёма, находится в составе многих халцедонов, халцедоновых конкреций и агатовых жеод, но только как количественно незначительная составляющая (редко - до 50-60%). Совсем недавно было показано, что некоторые массивные халцедоны представляют собой смесь из кварца (преимущественно), собственно халцедона, и моганита (в незначительном количестве). Моганит можно представить как производное кварца, где ламели правого кварца перемежаются с ламелями левого на уровне элементарной ячейки. Эти ламели ограничены [101] (Peter J. Heaney, 1993). Образуется при раскристаллизации опала и вулканического стекла. Первоначально был установлен в качестве неназванного минерала в 1976 г., а затем описан под названием Моганит в 1984 г., но без одобрения IMA. Только в 1999 году был утверждён IMA как новый минеральный вид. В русскоязычной литературе неоднократно упоминался под названием лютецин. Следует уточнить, что вопрос о полной идентичности моганита и лютецина пока остаётся открытым, хотя в зарубежных базах данных эти термины и приводятся как синонимы.